Dolaskom Osmanlija u Bosnu pomalja se na vidik franjevački samostan sv. Duha u Fojnici; ali tako, da se odmah ističe neobičnom posebenošću i veoma opsežnim djelokrugom, kao ni jedan drugi, makar možda i dobom mu stariji sudrug. S početka turske vladavine na lijevom kraju rijeke Bosne stajali su osim fojničkoga još samostani: u Jajcu, Lijevču, Zvečaju, Grebenu (Krupi), Jezeru, Lašvi, Glamoču, Rami, Kreševu i Visokom; nu padom Jajca i sjeverozapadnih strana Bosne (1528.) najednoč biše izbrisana s lica zemlje ova franjevačka zakloništa, pa i ona, koja su ležala u onim krajevima, koje je dotada hrvatska desnica branila od posvemašnje propasti, nu ipak se četiri samostana u sredini Bosne, naime oni: u Fojnici, Kreševu, Rami i Visokom nekako održaše kao po čudu; megju ovima opet sve natkrili fojnički, postavši postepeno naravnim nasljednikom zemalja i župa onih razvaljenih samostana, ter dogje pod duhovno vodstvo fojničkih franjevaca dobra polovica Bosne. Fojnički samostan, duhovno provigjajuć vjernike do Save i Une s jedne strane, a s druge do Prologa postao je središtem franjevačke radinosti: običnim sjedištem biskupa i provincijala, osobito rogjenih u ovom kraju Bosne, postade odgojilištem redovničkih novaka i počivalištem staraca; te je kao taki nosio i najveći dio novčanih tereta, koji su tištili bosanske samostane i katolike.
Osim crkve u Fojnici, održale su se u početku i crkvice u Podmilačju i dvije u Vodičevu (župa Volar), nu ove se zadnje srušiše i same, ne budeć dozvoljeno popravit ih, a otada ostade jedinim stjecištem ovostranih katolika fojnička crkva, gdje su mogli pobožni hodočasnici viditi sjaj službe Božje u crkvenom pjevanju i uzvišenim obredima. Tu su pobožne duše uzdisale k Bogu zagušene vapaje, poput Izraelaca u Babilonu, i tugovale nad pogaženom domovinom, te pospješivale svojim molitvama dane narodnog oslobogjenja. Bosanski katolici nijesu znali, šta su manastiri, oni su znali za tri crkve (Sutješka, Fojnička i Kreševska), a pod tim nazivom označivali su i crkve i samostane. Ovamo su oni slali svoje darove u novcu i živežu, a uz to darivali i crkvu kao Božje svetište. Pa imali su zašto i potpomagati bosanski katolici ovaj samostan. Ponajprije, kako smo se uvjerili tečajem cijele prošlosti fojničkog samostana, on je bio prvi na udarcu, te najveći dio globa i danjaka on je snosio, zastupajuć ovostrane katolike i franjevce po svim turskim uredima i kod Porte, a tu se je nemilice moralo plaćati i mititi, samo da se ne utrne katolička vjera u Bosni i ne ugine ovo zaklonište. Nadalje ovaj samostan bijaše otvoren svima katolicima, te su njihovi darovitiji sinovi brez razlike ovdje bili primani i odgajani za redovnike, kojima su se onda dotične familije i župe upravo ponosile i najvećom srećom to smatrale, premda za njihovu opskrbu nijesu ništa napose doprinosili. Osim toga su obnemogli starošću i progonstvom redovnici ovamo dolazili i tu svoj vijek dovršili. Napokon se je ovaj samostan ne samo brinuo, da providi pojedinu župu potrebitim osobljem, već je njegova briga bila, da svaka župa ima župnički stan i druge nužne zgrade, a uz njih i štogod zemljišta, otkle bi se redovnici uzdržavali, te se i danas u samostanskom arkivu čuva na stotine tapija na župska zemljišta iz svih gotovo župa ovoga kraja, a ta su zemljišta zavedena bila pod imenom ovoga samostana, jer pojedine župe nijesu uživale kod Turaka prava sticati posjede. Kako je samostan fojnički postao razvitkom dogagjaja maticom svih gotovo župa s lijeve strane rieke Bosne, tako je i Fojnica postala stjecištem katolika iz svih ovih krajeva; stoga nalazimo megju obiteljima varoša malo starosjedioca, nego nas većina prezimena u varošu sjeća na sve nemal područne Župe. Ovi su se jamačno s franjevcima u razno doba ovamo doselili i tu osnovali sebi porodice, a mlogi su ovamo prebjegli, jer su se u svom zavičaju zamjerili Turcima kakvim djelom, koje bi ih tamo glave stalo, dočim su ovde našli zaštitu i zaklon. Svaki je franjevac imao bar koju obitelj iz svoga kraja, koju je mogao svojom nazivati i s njom povesti razgovor o domaćim stvarima i odnošajima. Tu su bila zastupana sva bosanska nariječja, sve nošnje, svi običaji, pa su se svi osjećali, kao da su kod svoje kuće, u svom zavičaju, jer ih je ljubav prama vjeri i rodu obuzimala; a ništa nije bilo, što bi ih razdvajalo, pa ih je i pažnja franjevaca u jednakoj mjeri obuhvaćala. I to je donekle bilo uzrokom, da su i varošani fojnički svagdje bili dobro vigjeni i pričikani, kao osobiti sretnici, da su u blizini ovom općem svetištu.
Osvijetlivši ovako odnošaje izmegju samostana i područnih mu župa, pogledajmo pobliže u njihov imenik, u koliko je to danas moguće naći. Prvi je imenik samostanskih župa od biskupa fra Marijana Maraviča iz g. 1655., u kojem veli, da samostan sv. Duha u Fojnici ima 12 župa i to: Fojnica, Lašva, Jajce, Kotor, Banjaluka, Motike, Dragočaj, Kozarac, Kamengrad, Ljubija, Dragotin, i Vodičevo; kuća katoličkih 5.654; duša 12.789. Drugi će imenik župa bit svakako onaj, koji je biskup fra Franjo Ogramić podastro Vjeroplodnici u Rimu god. 1675., te iz njega doznajemo, da je župa samostana fojničkog bilo brojem 14, uračunavši i mjesnu, Sutješki imao 10, Kreševski 3, Visočki 5, Gradovrški 5, Modrički 3, Ramski 2, a Olovski 2 župe. Crkvica je dakle bilo po 4 u Fojnici i Majdanu, 2 u Vodičevu, a po jedna u Ljubiji, Dragočaju i Kotoru. Župničkih stanova nije bilo u Banjaluci, Motikama, Bihaću i Lašvi, dakle su se u važnijim mjestima svećenici sklanjali kod imućnijih katolika, toliko su bili zlo vigjeni kod turskih oblasti. Istina, neke su župe ovoga kraja, i to blizu Save, pripadale Visočkom, a neke Kreševskom samostanu - kao Zablatje u Ključkom kotaru i Dubica - ali to im se je dalo, da ne klonu pod teretom svako vrsnih danjaka, dočim pravo na njih priznavaio seje tajničkom samostanu, buduć malo kasnije iste krajeve vidimo posve podijeljene ovoj matici, osobito kada su se mloge župe raselileušljed provale principa Eugena. Treći imenik imamo iz g. 1708. od fra Ivana de Vietri, generalova povjerenika, u kojem se nalaze ove župe: Fojnica, Banjaluka, Motike, Jajce, Travnik, Rama, Duvno i Livno. Obuhvaća dakle cijeli kraj s lijeve strane Bosne izvadivši jedino Kreševo, dočim je mlogih župa nestalo, a Rama pridošla. Začudno, da tu nema Bišća, nu valjda je slučajno izostalo. Razabire se iz istoga spisa, da su po dva franjevca služila župe Banjaluku, Motike, Jajce i Livno, a ostale po jedan, te da su obuzimale i izginule župe, ukoliko je ostalo što katolika iza one seobe. I ovi su svi krajevi ostali sve do g. 1846. ujedinjeni sa samostanom u Fojnici, a tada se počeše udaljeniji cijepati. Ponajprije se odijeli Duvno 1846., i bi pridijeljeno novom apošt. vikarijatu u Mostaru, a neposredno novoj (1850.) franjevačkoj kustodiji u Hercegovini. Kada dolaskom Omer-paše u Bosnu, g. 1850. bolja vremena nastaše i za katolike, pomisliše (1854.) franjevci na to, da osnuju nove samostane u Livnu i Travniku, te dobavivši za to fermane dogovorno g. 1857. odijele od fojničkoga samostana župe: Kupres, Vidoše, Čuklić, Ljubunčić i Livno, da ove za se čine posebni kotar i sagrade samostan u Livnu-Gorici; a u isto doba da se drugi samostan podigne u Gučoj-gori kraj Travnika, dodav mu župe: Gučagora, Dolac, Orašje, Zenica, Dobretići i Kotor. U načelu bi odregjeno, da se treći sagradi u Banjaluci, ali kada tomu budu prijatnije okolnosti, osobito jerbo je tu muslimanski svijet bio još nesnosljiv, pak nit bi se moglo zemljište kupiti, nit dozvola dobiti, privremeno pako da se župe, koje su u Krajini, podijele izmegju ova tri samostana. Megjutim se i tamo zasnova god. 1873. samostan u Petrićevcu kraj Banjaluke, ter otpade opet nekoliko župa. Dok su se ovako u krilu fojničke kustodije (okružja) podizali novi samostani, došle su braća tajničkoga kraja sve sile ulagala, da opskrbe svoje preostavše župe crkvama, župničkim stanovima i školama. Godine 1848. podignuta je lijepa kuća za župnika u Gornjem Vakufu (Skoplju), god. 1856. u Rami, god. 1858. na Uzdolu, Bugojnu i Brestovskom, g. 1865. u Rastovu, god. 1876. u Golombrdu i Podmilačju, god. 1885. u Gromiljaku. Isto su tako brzo nicale i crkve, čim je nešto više bilo slobode i manje otpora od strane domaćih muslimana, a to ovim redom: u Uzdolu, Jajcu, G. Vakufu, Golombrdu, Rami, Bugojnu, Busovači, Brestovskom i Gromiljaku; škole pako u G. Vakufu, Bugojnu, Busovači i Rami. Dok se je ovako grozničavom brzinom radilo na sve strane oko podizanja ovih zgrada, pobudi se želja kod braće rogjene u okolici Jajca i Rame, da oni uskrise svoje samostane, te premda su se ovdašnja braća tomu neko vrijeme opirala, dok i ona sagrade sebi crkvu, ipak popustiše, te se na glavnoj skupštini g. 1882., držanoj u Fojnici, otcijepiše i ovi krajevi, a time otpadoše sjedne strane župe: Rama, Uzdol, Triješćani i Doljani, a s druge: Jajce i Podmilačje. Buduć je fojnički samostan morao, ustupiti i nekoliko župa nadbiskupu, dade mu župe: Rastovo, Goiobrdo i Gromiljak. Ovdje ćemo napomenuti preostavše župe i ukratko ocrtati njihovu prošlost i to: 1. Fojnica, župa velike davnine i matica susjednih župa. Prošlost je njezina povjest mjesne crkve i samostana. God. 1742. osim Fojnice imala je samo 3 sela, i to: Tješilo, Bistricu Ostružnicu, Šćitovo i sela Djedov dol, Otigošće, Prokos, Mujakovići i Ragale. U cijeloj se ovoj gorovitoj župi nalazi katoličkih duša okruglo 3000. 2. Brestovsko, župa odijeljena od Fojnice g. 1851. u kojoj se g. 1855. nastani i vikar apostolski, pa je tu s malom iznimkom boravio do g. 1878. Župnički stan bio u selu Kazagići, a drvena crkva u Medovićim, općine Brestovsko. Iza požara su (31. srpnja, 1878.) neko vrijeme župnici stajali u privatnim kućama, dok se ne sagradi župnički stan, a zatim crkva sa zvonikom tik ceste, na sadanjem krasnom položaju, prinosima puka i samostana, a potporom vladara (1600 K) i vlade (2600 K). Župa se sastoji od 3 općine: Brestovsko, Orahovo i Milodraž; ovo posljednje mjesto je znamenito, što je tu (g. 1463.) Mehmed II. primio izaslanike franjevaca i podijelio im najveće državne povlastice Ahtnamom. Broj katolika iznosi oko 1600 duša. 3. Busovača. Ovdje je zasnovana župa god. 1840. odijeliv se od Fojnice. Trudom o. Marijana Milićevića tu je sagragjena krasna crkva sa zvonikom i prostran župnički stan, uz velike žrtve puka i potporu vladara i vlade. Zauzima općine: Busovača i Bukovci, uz neka sela kotara travničkoga; duša se katoličkih nalazi 3200. 4. Bugojno. Župa je otcijepljena od matice G. Skoplje god. 1844. te ju sada sačinjavaju općine: Bugojno, Crničje, Vesela, Poričje, Prusac, Guvna, Kopčić, Doljni Vakuf, Rogoušac i Ljubnić, sa 4.700 katolika. Župska crkva zasnovana o srebrenom piru njihovih Veličanstva cara i kralja, te carice i kraljice, najveća je (duga 52 m široka 26 m) u Bosni i Hercegovini, a zato i silnih troškova stala. Još joj manjka zvonik i obilatija ponutrica. 5. Gornji Vakuf, prije poznat pod imenom Gornje Skoplje. Župa se sastoji od općina: G. Vakuf, Voljice, Sarajvilić, Bistrica, Dobrošin i Privor. Dok je u Rami opstojao samostan, Skoplje je pripadalo ramskoj župi, ali kada se franjevci (1687) iz Rame iseliše, zasnova se posebna župa za cielu skopaljsku dolinu i pripade najbližemu samostanu u Fojnici, jer je ovaj podmirio i dugove Ramske. Buduć su u ovoj okolici prebivali mnogobrojni bezi, kao i danas, nije bilo moguće podići ni najčednijega župničkog stana sve do pod konac 18. vijeka; a kada se taj zasnova u Voljicu, vlast ga dade u po bijela dana sažeci. Još su se neko vrijeme potucali svećenici od jednoga sela do drugoga, dok im se ne smilova obitelj Tomić za Glavicom kraj G. Vakufa i ustupi zemljište, čemu se nijesu protivili domaći muslimani. Župa je dosta trpila od samovolje begova, imenito onih u Odžaku, kojima su morali katolici nedjeljom iza pučke mise orati, kositi i žeti njihova polja, te sastaviti po stotinu plugova, a još više kosaca i žetelica, a to je trajalo sve do Omerpašina dolaska (g. 1850.). Ipak se je Skoplje neprestano naseljivalo katolicima iz Dalmacije, Duvna i Hercegovine, a time se župa širila i množila, pak je trebalo u doljni kraj zasnovati drugu u Malom selu kod Bugojna. Ipak i sada ova broji 3200 katolika. Sadanji je župnički stan podigao g. 1849. o. fra Franjo Vučević, a crkvu (g. 1869.) o. fra Pavao Vukadin. Osijeća se megjutim potreba od ukusnije, prostranije i solidnije crkve, o čemu se živo radi, buduć ova već prijeti ruševinom. God. 1911. odijeljena su neka sela od ove, neka od Bugojanske župe, te stvorena nova župa Gračanica, koja je pripala nadbiskupu.
