Prelazeći fojnički franjevci u XVI. vijek, preselili su se u zatišje na brdo Križ, gdje se i sada nalaze. To nam potvrgjuje, što su već g. 1502. tražili dozvolu, da popode crkvu; a ne možemo misliti, da je dosadanja crkva u Pazarnicama, koja je gragjena još za domaćih vladara, bila dotad nepopogjena. U izviješću bosanskog vikara od g. 1506., upravljenom vrhovnoj upravi reda, zauzima odlično mjesto samostan u Fojnici, znak, da je već postao u mnogom pogledu važnim.
Nu kao da selioci nijesu postigli svoga cilja i dovoljno se zaklonili, jer već g. 1515. gvardijan fra Franjo Čečko moli dozvolu, da smije uz samostan sagraditi posebnu gostionicu (musafirhanu), gdje će badava imati noćište i hranu oni muslimani, koji s kakvim poslom budu dolazili u Fojnicu, a da ih ne moraju pušćat u samostan, kao što su do sada činili. Malo kasnije, t.j. god. 1517. sarajevski muselim Mustafaga zabranio je od franjevaca uzimati porez na vino, što su ga neki niži činovnici počeli tražiti, uvaživši pri tome duh i smisao ahdname. I zbilja, kao da je ova svečana povelja cara osvojitelja počela dosta gubiti od svoje vrijednosti. Već g. 1518. sarajevski mullah, kao najviši sudac u zemlji, po svojoj volji pregleda i primjeri crkvu, te našavši ju u redu morade izjaviti, da je sve u redu. Ovo zanovetanje prijegje u očitu nepravdu njegdje oko god. 1521., kada Turci razoriše naše samostane s crkvama: u Fojnici za gvardijanstva fra Jakova Vonjića, u Konjicu, Visokom, Sutjesci i Kreševu.
Tom prilikom uhvatiše i povezaše dvanaest franjevaca i provincijala fra Stjepana Kučičića (sic!). Ovaj se putem izmače i pobježe, a Turci ostalu braću mučiše i poubijaše, ali ovi starješinu ne izdadoše. Dok fojnički ljetopis šuti o uzroku ovoga divljaštva, sutješki pripovijeda, kako je tomu bio glavni pokretač konjički emir, koji je redovito svakoga petka dolazio u Visoko, i tu silom dogonio kršteni narod iz okolice, da ga po svoju pouči i na islam privede. Pučka predaja dodaje, kako bi se toliko svijeta sakupilo, da bi se na stabla nekoji penjali, da bolje čuju. I danas se veli: „Idem u Visoko ime promijeniti" (prevjeriti se). Ovom prilikom zahjevao bi konjički emir od mjesnoga gvardijana kokota ili ribu glavalicu, a kad mu jednoć uskrati, rasrdi se i pisa u Carigrad, da dotle ne može biti govora o potpunom pokorenju ovog naroda, dok su uzgor franjevački samostani.
Kao potvrdu ovom razorenju fojničke crkve i samostana služi nam do danas u samostanskoj pismohrani sačuvana službena izjava, koja nam dovoljno osvjetljuje tadanje žalosne prilike. Pisana je naše godine 1527., pa ju u prijevodu doslovce saopćujemo, neka ona priča našem potomstvu naše nevolje. „Povod je ovom spisu slijedeći: stanovnici rudnika Fojnice, nanije (kotara) Visočke, a sutbene oblasti Sarajevske, izjaviše na sabranoj skupštini slijedeću molbu: Mi smo svoju u gradu Fojnici ležeću staru crkvu, gdje smo se još za nevjerničkih vremena Bogu molili, prije šest godina popravili, te buduć su iskazali, da je crkva od prvašnje gradnje veća sagragjena, to su ju porušili. Radi toga su se mlogi izmegju nas odrekli općinske sveze s rudnikom Fojnice, te su poodlazili u mjesta, gdje postoje crkve, a i još su mlogi spremni na odlazak. Mi smo svi bez crkve, pak ćemo se tim načinom, ne popravi li se stara crkva po prvašnjoj osnovi, svi razići. Na te riječi pokazaše oni prepis previšnje zapovijedi s potpisom pregjašnjeg suca grada Sarajeva Obeid-efendije, u kojoj se naregjuje, da oni svoju staru crkvu po prvašnjoj osnovi poprave. Uslijed toga smo pošli na mjesto, gdje budu sakupljeni muslimani stari i vještaci ondašnjega kotara, ter kad je sve izvigjeno, iskazaše muslimani: Ibrahim sin Abdullaha iz sela Orahova, Abdullah Kobac i Balaban sin Abdullaha iz sela Milodraža i Haman sin Abdullaha iz sela Gvožgjana, svi jednodušnom izrekom, istoglasnu i istoznačnu svjedodžbu, rekav: Mi smo u toj stvari svjedoci i izrično svjedočimo, da, kad se je za vrijeme umrloga Sultana Mehmed Hana, blažene uspomene, ova krajina osvojila, bila je još iz dobe kraljeva na istome mjestu crkva, koja je imala u duljini 50 lakata, a u širini 15 lakata, koja je bila pleterom ogragjena, a šimlom (daskom) pokrivena, gdje su stanovnici rečenog rudnika po svojoj ispraznoj vjeri dolazili i Bogu se molili, ter za to, što su joj pleter digli, a zidom ju opasali, pa još neke prigrade podigli, bila je ona porušena. Nu njezina je osnova bila onakova, kako ju gore opisasmo, a odkako je porušena, nema van šest ili sedam godina. Tako iskazaše jednoglasno. - Buduć pako, da su stanovnici rečenoga rudnika već i prije bili nevjerni i buduć je po šerijatskomu pravu dozvoljeno, da se porušena crkva po prvašnjoj osnovi napravi, to se dozvoljava, da se ta crkva na istom mjestu, a po prvašnjoj osnovi i bez povećanja, pleterom nanovo upravi, radi čega je ova dokaznica po želji stanovnika rečenog rudnika napisana i u ruke im dana, da im, ako ustreba, pravomoćnim dokazom služi. Pisano 10. Zilhidže, godine 933., (kršć. 1527.), pred svjedocima: Hasan sin Ismailov, Ali sin Alagiora, Oruč sin Jusufov, Haman sin Abdullahov, Sulejman sin Abdullahov, Hasan sin Abdullahov, Haman sin Abdullahov iz sela Otigošća, Merdum Emin iz sela Ričice, Demirhan sin Abdullahov iz sela Trnovci, Sedža sin Mehkemov, Brakan Makirev i ostali prisutni.“
Po sadržaju ovog službenog spisa, koji se čuva u izvorniku, rekli bi, da nije do tada prenesen bio samostan na sadanje mjesto, već da ga je ova oluja našla u Pazarnicama, te da ga je tu i crkva obnovljena, usljed ove dozvole. Vidi se nadalje, da su Turci na ovaj korak došli iz puke vjerske mržnje, nazivljući nam vjeru „ispraznom“, navodeći, da je stara crkva bila od pletera, dočim se ne da pomisliti zgrada onako duga. široka i visoka - kao što oni sami svjedoče - a gragjena za domaćih vladara, i to dobrih katolika, u mjestu, gdje ima dovoljno kamenja, te su i danas usprav zidane kuće muslimana, koje potječu iz dobe bosanske samostalnosti. Osim toga vidi se, da tada još nije bilo muslimana u samome mjestu, jer su svi svjedoci došli sa sela, naime: iz Otigošća, Gvožgjana, Orahova i Milodraža, sada fojničkoga kotara; dočim opet iz visočkog došli su iz sela: Trnovci i Ričice, a tim se potvrgjuje i domaća predaja, koja veli, da je prošlo sto godina iza pada Bosne, a da se nijedna muslimanska obitelj nije u Fojnici naselila. Ove iste (1527.) godine kao da su nastala i za fojničke franjevce bolja vremena. U to doba dogje u Bosnu Sinan Mustafa s carevom naredbom, da procijeni sve nekretnine i označi danjke, te on na temelju ahdname izuze od toga sve franjevačke posjede. U isto doba izagje carski ferman, da se grčko-istočne vladike ne pačaju u upravu bosanskih katolika. Dapače i domaći velmože uzeše u obranu franjevce, tako Ferhatbeg Miralem piša vojvodama u Brodu i Visokom, da ni za koju stvar ne uznemiruju franjevaca, kao što je to izričita volja sultanova. Radi toga možemo opravdano misliti, da su franjevci baš u ova dva kotara, imenito Visočkom, kojem je tada i Fojnica pripadala, imali velikih neprilika. Uz to su nadošle i druge neprilike. Turska je vlada nemilice zatirala vinograde, te su franjevci bili u neprilici, otkle da nabave toliko vina, koliko im treba za božanstvene službe; pa jer po svojim ustanovama nijesu smjeli obragjivati zemljišta, zamole sv. Stolicu, da smiju kupiti ili nasaditi vinograde, što im rado g. 1539. i dopusti. Već je slijedeće godine (1540.) fojnički samostan kupio u Neretvi, selu Buljini, za se vinograd, dočim je drugi kasnije nasadio u Sutjeskoj na desnu potoka Trstionice, kao što domaća predaja svjedoči.
Ne manja neprilika bijaše i odsutnost biskupova, pa i ako je sv. Stolica franjevačkim provincijalima dala vanredne povlastice u pogledu duhovne uprave, ipak su franjevci sve moguće činili, da dobiju biskupa. U tu su svrhu već g. 1524. umolili tursku vladu, da im se dozvoli sastajati na izbor crkvenog poglavara, a u Rimu su za tu stvar toliko radili i moljakali, da je papa Klement VII. g. 1544. mimoišavši predlog ugarskoga kralja naimenovao smederevskim biskupom i upraviteljem bosanske biskupije i svih drugih u opsegu bosanske redodržave ispražnjenih stolica fra Blaža Kovačića, spominjući izrično progonstva i nevolje katolika i franjevaca u Bosni, ter silnu nuždu da imadu posvećena biskupa. Nu buduć svećenstvo i puk nijesu znali pritajiti svoga veselja kod ulaska novoga pastira, Turci ih potvoriše, da je donio barjake i novce, da Bosnu izda papi i digne opći ustanak, pa ga stanu svuda proganjati, a on bježeći kraj Drine i vidivši ovaku potjeru, skoči s konjem u rijeku i tu se utopi. Pa se ni tako groznom smrću ne utaži turski bijes, već potvore franjevce, da su bili s biskupom sporazumni. Kao izdajice biše pobacani u tamnice, odakle se samo silnim novcem oslobodiše. Istina, i ovog je doba turska vlada odbijala napadaje grčko-iztočnih vladika na katoličko bogoslužje, - nu svaki musliman kao da je dobio prevlast nad franjevcima, buduć su svuda priječili graditi župničke kuće i otvarati vrtlove. Pa i drugih su im zaprijeka stavljali, smetajuć im po selima hodati, službu Božju vršiti, rad bolesti ići u susjedne kršćanske zemlje i tražeći od njih po 12 para danjka.
Najteže im je svakako bilo, da su vladike ovog doba (1563.-86.) sve sile uložile da katolike podjarme pod svoju vlast i da kojekakve pristojbe pobiraju, kako su to činili od svojih jednovjeraca, imenito kod vjenčanja. Ferman za fermanom, izjava za izjavom najuglednijih dostojanstvenika izlazile su i leže naslagane u fojničkom samostanskom arhivu, ali time se nijesu ušutkali oni tobožnji predstavnici pravoslavja, kušajuć posvuda ne bi li se kako svoga cilja domogli i svoju nezasitnu kesu napunili; a da ni sa svešteničke strane ne ostane franjevcem krivo, izbio je pop Lazar Brajković nekakva fra Marka i oteo mu 180 para. Poput crne niti provlači se kroz čitavo ovo stoljeće, te dapače zalazi i u druge vjekove, zlokobna namjera crkvenih poglavara naše nesjedinjene braće, kojoj je bilo pobudom ne toliko širenje pravoslavja, koliko lakomost za novcem. To već bijaše u sebi ogavna strast, koja je bacala crnu sjenu na njihove težnje te pobitgjivala odurnost i u samim muslimanima, a nekmoli u katolicima toli vjernim stožeru jedinstva, sv. apostolskoj Stolici i toli vatrenim braniteljima i zatočnicima pravovjerja. Ovo napomenuvši, mi ćemo, što više rnognemo, mukom mimoilaziti nebrojene isprave našega arhiva, u kojima je ovjekovječena ne samo spomenuta težnja, već i zakoniti otpor svećenstva i puka katoličkog, pak ćemo češće pričati druge dogagjaje, koji se zbiše u ovom samostanu i njegovoj okolici, a kojima su uzrokom bili naši gospodujući zemljaci; osobito ćemo pako rado isticati naše nutarnje prilike, da bar začas odvratimo pogled od nebrarskoga postupka nesjedinjene braće. Megjutirn su bili opali god. 1564. krovovi na crkvi i na kući za goste (musarfirhani) i trebalo ih je popraviti, što u sve jade nekako kadija dozvoli. Domaći muhamedanci sada god. 1571. stanu smetati, da se ikakav živež unosi u samostan, te je sami sarajevski mullah Abdul-baki efendija morao dignuti tu zabranu, da mogu franjevci bar živiti, kad ne smiju uživati. Dapače su im zabranjivali voštene svijeće u crkvi žeći i držati oružje; stoga im je trebalo g. 1574. isprositi dozvolu, da smiju i oni pušku ispaliti, kada bude kakva potreba, a god. 1594. isprosiše da mogu svijeće upotrebljavati. Uz to su na njih ni krive ni dužne nalijećali, te je satni Ali-paša morao dati nalog g. 1578. vojvodama i subašama, da fra Grgi provincijalu i njegovoj braći čast iskazuju, a po gotovu, da ih štite od svakojakog nasilja. A buduć su fojnički muslimani iziskivali kojekakove darove ibede1ije, to im g. 1580. zabrani Mehmed Beglerbeg. Od ovakih napadaja nijesu štedili ni samoga biskupa, što razabiremo iz naloga Alibegova, koji naredi nekomu muslimanu, da napravi vrata i ostalu štetu namiri, što je biskupu svojim samosiljem nanio."
I samim su se franjevačkim gostoljubljem zlo služili, jer neki noćivši kod njih sa svojim robovima, viku bi digli, da su im franjevci robove na bijeg nagovarali, a pod tom izlikom otimali bi im odjeću i pokrivku. Dapače, kada bi sebi kuće gradili, htjeli su, da ih franjevci časte i dadnu novaca u zajam što sve dokide g. 1585. sultan Ahmed svojim fermanom izdanim na bosanskoga beglerbega, a na molbu fra Ante provincijala, dodavši, da se svaki prekršaj ove naredbe javi njegovu dvoru. Ugledajuć se u svoga gospodara, emin Mehmed-aga zabrani uzimat od franjavaca stočarinu; a Ibrahim-paša dade nalog Nazir Zaimbegu, da nitko ne uznemiruje franjevaca u crkvi fojničkoj. Nu buduć su sinovi nekog čauša po imenu Mehmed, Alija i Jusuf pravili velika nasilja i još tukli franjevce, Ali-paša naredi fojničkome kadiji, da svu trojicu otpremi k njemu u Travnik. Usprkos ovoj blagovolji najviših čimbenika i drugdje su bili franjevci zlostavljani: u Kostajnici otimali su im proševinu; kod kuće tražili su od njih kokoši, jaja i slične tomu stvari, a uzto javni živež, danjke i novac. Osobito su pako tužbe dolazile proti nekoga Mehmeda, koji je uznemirivao franjevce u Jajcu. Državni činovnici uzimali su franjevce svaki put u zaštitu, nu o povratku nepravedno uzetog nije bilo ni govora. Više nego ove zlostave sada je počela moriti franjevce briga, kako da prekriju i oprave crkvu u Fojnici. Mnoge su službene izjave i dozvole bile isprošene, ili bolje rekuć skupo kupljene, dok je g. 1591. izišao i sultanov ferman, po kojem se može to sve izvesti, ako je Fojnica bez boja osvojena, inače da se crkva obori posve i franjevci rastjeraju; što opet potvrdi Idriz-paša. Na temelju ovih gvardijan fra Anto Jurišić god. 1594. ozida crkvu ozdol kamenom, a gori nepečenom ciglom (ćerpičem); a time se diže plot, kojim je bila u prvi mah ogragjena, te je sada bilo izgleda, da će dulje prkositi nezgodama vremena. Kao da je pune četiri godine trajao ovaj popravak i obnova; jer se još i danas može viditi ploča okrnjena s natpisom: NETO REDIFI + 0. D 1598. Ovako opravivši crkvu pomisliše i na samostan. I on je bio načinjen od slaba gradiva, i u njemu su crv vremena i ne pogode mlogo koješta pokrutile, tako, da se je bilo bojati potpuna rasula; stoga zamoliše Ahmed-pašu, da ga mogu popraviti, a ovaj osloni na mjesnoga kadiju, da im može dozvoliti, ako uvidi razložitost molbe. Na ovi način osiguraše se na dulje vrijeme i tom prilikom ne samo, da je bila trajnija gragja, već su zgrade prema svojoj svrsi bile udešene.
Iz ovog doba imamo o samostanu i nešto potanjih vijesti: O. Gonzaga, kao vrhovni ministar franjevačkog reda, na temelju službenih izviješća, izradio je g. 1587. djelo o svim redodržavama, dosljedno je upleo tu i Bosnu, te naveo kratku povijest njezinih 14 samostana. I on o tajničkom samostanu pripovijeda, kako je na drugom mjestu bio načinjen u davna vremena pod zazivom Sv. Duha; ali jer je bio na putu Turcima, braća ga ostave i s druge strane varoša sagrade novi. Već su tada u Fojnici stanovali muslimani i kršćani, a ovi posljednji da su se bavili va-gjenjem srebra, dočim su njihovi nadzornici (rudarski) podigli i crkvu i samostan. Nadalje veli, da ovu sv. kuću osobilo časnom čini tijelo blaženog Angjela, sveta i veoma pobožna muža, koji se je pri osvojenju Bosne izložio mlogim pogibeljima, da spasi kršćane. Ono je (naime tijelo) poslije više godina iskopano, te cijelo i nepokvareno našasto, pa zato i na časnije mjesto postavljeno, a Fojničani mloga primljena dobra njemu pripisuju. I ove mršave vijesti potvrgjuju neke naše navode, ter svjedoče znamenitost ovoga mjesta u vjerskom i obrtnom pogledu. Poznato nam je još i s drugih strana, da je tadanji bosanski biskup fra Franjo Baličević (1588-1615.) imao svoje stalno sijelo u Fojnici, a tim je samo porasla važnost ovoga samostana. Pa kao da je i njegov prešastnik fra Anto Matković (de Matthaeis) ovdje stanovao, jer su neke njegove isprave u ovom samostanu učuvane. Svakako su ipak njihovi nasljednici većinom ovdje stanovali, uredovali i na veće blagdane osobno obavljali svete čine onim sjajem, koji crkveni propisi nalažu, a tadanje im okolnosti dozvoljavale, što je susjedne katolike još više ovamo privlačilo i što je Fojnici osobiti ugled u starini i skoroj davnini davalo. Prema tomu treba da kažemo da su se tadanji biskupi živuć u samostanu posve izjednačivali u jelu i odjeći s najnižim redovnikom, ne tražeć za se nikakve iznimke, dapače obavljali su sve redovničke vježbe, idući u kor i podvrgavajuć se upravi mjesnoga gvardijana. Rijetko su kada dobivali kakvu potporu, koja nije bila stalna; a i ta ni iz daleka nije odgovarala njihovim potrebama. Samostan se je za njih napose brinuo, da imadu pristojno crkveno ruho, držao za njih tri ili četiri konja, posebnoga slugu, a oni bi od ranoga proljeća do kasne jeseni sa tajnikom i samostanskim slugom, naprtivši na četvrtog konja svoje crkvene i osobne potrepštine, zaredali sada Bosnom, sada Hercegovinom. Boravili bi u svakoj župi bar po 5-7 dana, dijeleći sv. potvrdu, mireći zavagjene, obraćajući zabasale grješnike, tje-šeći, poučavajući, te obnavljajući sve u vjerskom životu. Pod jesen bi se vratili u skromne zidine samostana, podvrgavajući se svim strogostima reda i prednjačeći svima u nabožnom životu, ter dobrim primjerom djelujuć i na one, koji bi htjeli ra-slabiti redovničku stegu. Oni po tome nijesu znali ni za kakve udobnosti, koje su uživala druga njihova po službi braća. Čim bi jedan klonuo pod teretom tolikog truda, progona i svakovrsne oskudice, franjevci bi sv. Stolici drugog predložili i nekako ga sklonuli, da svoja pleća rado podvrgne biskupskoj službi, držeći se za sirote, kad ne bi ovakog crkvenog dostojanstvenika megju sobom imali.
I na izmaku ovoga XVI. stoljeća najviše je ovaj samostan tištilo, što su muslimani blizu svaki dan ovdje padali na noćište, razpolagali po miloj volji s redovničkim kućama i blagom, ter se miješali u naše poslove, pak je trebovalo dobavljati carske fermane i vezirske bujrultije, da im se i priuba olakša. i g. 1600. isprošena je vezireva dozvola, da se crkva naokolo obzida nepečenom ciglom (ćerpičem), buduć je dogradnja crkve još jednako zapinjala. Našav se na izmaku XVI. vijeka, držimo vrijednim obazrijeti se ukratko na neke odnošaje, koji izbijaju na površinu, ako malo pomnjivije promotrimo vijesti, koje smo poredali, a druge dometnemo, koje bi nam mogle izostati, kada ih ne bi ovdje upleli. Redovnička je stega bila i ovog razdoblja izvrsna u cijeloj bosanskoj redodržavi, pak i u ovom samostanu. U domaćem arhivu čuvaše popis prihoda (dohoda) i izdataka (pohoda), koji po svoj prilici pripada dolnj o-tuzlanskom samostanu, i to iz g. 1611.-16.; a na temelju istih računa doznajemo, da je i tada u redodržavi opstojala potpuna redovnička zajednica (vita communis). Izdaci na čohu, čarape, tunike, dimije, papuče i na putovanja bilježeni su bez oznake redovničke osobe. Prihodi su se sastojali iz proševine u crkvi i vani obavljene, iz dohotka slanih vrela, ter iz priloga, koji su im dolazili iz Biograda od bosanskih i dubrovačkih trgovaca. Žito su nabavljali iz Zvornika i Loznice, ploče i klince iz Fojnice. O kavi i sladoru nema ni spomena. Hrana im je bila: pasulj, žito, pirinč i riba, meso rjegje, vina su pili malo. Turcima su davali novac na šerbe (slatku vodu), kruh i paprenjake (kolače). Redovničku su haljinu svagdje nosili. Od drugog doznajemo, da su stali pomalo obragjivati zemlju i vinograde, da mogu snositi nametnute im terete. Turska vlada, koja je u trećem desetku ovoga stoljeća toli divljački postupala prema katoličkim samostanima, postala je kasnije sve naklonija franjevcima, pak je pri koncu ovog stoljeća stala zahtijevati od svojih činovnika, da svagdje iskazuju počast njihovu provincijalu i ostaloj braći, - znak, da su provincijali i franjevci znali dovesti u sklad svoje podaničke dužnosti sa svojim političkim težnjama, a otud im i data dozvola, da porušena zakloništa opet prenačine i nešto se boljim gradivom pri tome posluže.
Naobrazbi svojih vjernika posvetili su osobitu pažnju, pak ih vidimo kako, ne samo po samostanima, već i po selima djecu poučaju. Što se tiče napose fojničkoga samostana, on je istina koncem ovoga vijeka izragjen i uregjen, ali je imo veoma kukavno lice, prislanjajući se uz visoki brijeg „Križ" i okrenuv veći dio prozora prama stršećem u vis brdu. Pa ipak, i tako nespretno načinjen, postao je stolicom biskupskom i otud mu se još većma ugled poveća. Više od stotine turskih isprava iz samog XVI. vijeka učuvano je u ovom samostanu do danas, unatoč strašnoga požara od g. 1664., što bi bilo dokazom, da su se službeni spisi odasvuda ovamo snosili, a da je za nje bio namijenjen posebni, od požara osigurani, prostor, kamo su zaklanjali i druge dragocjenosti. Tišinu je samostansku prekidala krika i buka Turaka, koji su ovamo nezvani dolazili, tu jeli i pili, a onda još krali i otimali, čega bi se god dočepali. Musafirhana, koju su franjevci uza samostan bili načinili, bijaše za njih taka neprilika, da se ne da opisati, koliko je to zobalo njihova truda i muke, koliko li uzrokovalo straha i nemira u danu i noći.
